绿色工厂认证的难点主要包括以下几个方面：

1. 尺度不一：在绿色工厂第三方评定中，存在尺度不同的特点，这可能导致评定结果的不一致性。

2. 评价标准复杂：绿色工厂的评价涉及多个方面，包括基础设施、管理体系、能源资源投入、产品、环境排放等，这些都需要满足特定的标准和要求。

3. 数据收集与统计难度：在评价过程中，需要收集大量的数据，包括能源消耗、废弃物排放等，这些数据的收集和统计可能存在难度。

4. 技术和设备更新：为了满足绿色工厂的要求，企业可能需要更新或升级现有的技术和设备，这可能涉及到较大的成本投入。

5. 管理体系的完善：企业需要建立和完善能源资源、环境管理体系，这需要时间和资源的投入。

6. 环境排放要求：绿色工厂对环境排放有严格的要求，企业需要确保其排放水平达到相关绩效标准。

在绿色工厂认证前，企业需要做好以下配合工作：

1. 自我评价：企业应依据绿色工厂的评价指标，逐项进行自我对照，看是否满足相关要求，并完成《绿色工厂自评价报告》。

2. 第三方评价：选择的第三方机构进行现场审核和评价，并根据评价结果完成《绿色工厂第三方评价报告》。

3. 文件和证明材料准备：根据第三方机构的要求，准备所需的文件和证明材料，包括管理体系文件、能源消耗记录、环境排放数据等。

4. 现场评价配合：与评价组充分沟通，确认企业已充分理解评价计划，并能够提供所有的相关材料，商定现场评价时间。

5. 环境管理体系完善：帮助企业完善体系化管理，完成ISO14001环境管理体系认证，并按规定开展清洁生产审核。

6. 绿色工艺推行：在源头上推行绿色工艺，致力于研发科技含量高、精细化、附加值高绿色产品，遵循能源资源消耗低化，生态环境影响小化，循环利用率大化。

7. 培训与技术支持：开展绿色工厂创建专题培训，进行现场评审，根据整改提升建议全面排查，制定并落实具体整改措施。

通过上述配合工作，企业可以更好地准备绿色工厂认证，提高通过认证的可能性。