GMPC认证审核主要检查以下方面：

人员：涉及员工的培训、资质和健康状况等。

厂房和设施：包括生产车间、实验室、清洁室等的维护和适宜性。

卫生和虫害控制：确保生产环境的清洁卫生，以及有效的虫害控制措施。

设备：设备的维护、校准和验证文件等。

过程的控制：确认生产过程的控制和监控。

质量控制和：包括来料检验、生产记录、质量控制测试报告等。

产品的追踪性和回收：产品标识、追踪和召回程序。

清洁与卫生：生产和储存区域的清洁和卫生状况。

记录系统：确保记录的准确性、完整性和规范性。

成品标注：产品的标签和标识是否符合要求。

投诉/产品回收：处理客户投诉和产品召回的程序。

分包：外包活动和供应商管理。

培训：员工的培训手册和记录。

虫害控制：虫害控制方案和记录。

市场准入限制：GMPC认证是进入某些市场，特别是欧盟和美国市场的门槛之一。不合格可能导致产品无法在这些市场销售。

消费者信任度下降：GMPC认证是消费者对产品质量信任的重要标志。不合格可能损害品牌形象，降低消费者信任。

法律风险：未通过GMPC认证的企业可能面临法律诉讼和监管处罚，尤其是在产品安全和质量出现问题时。

业务损失：不合格可能导致订单取消、客户流失，从而造成直接的经济损失。

改进成本：企业需要投入额外的资源来纠正不合格项，这可能涉及重新设计流程、培训员工等，增加了运营成本。

综上所述，GMPC认证对于化妆品行业的企业来说是一项重要的质量管理体系，不合格的影响深远，包括市场准入、品牌信任、法律风险等多个方面。