潍坊食品FDA注册证审核的主要步骤如下：

1. 注册类型选择：首先需要确定注册的类型，包括企业名称/地址信息、邮寄地址信息（可选）、总公司名称/地址信息、企业紧急联系信息、商业贸易中使用的名称、美国代理、季节性企业的运营日期（可选）、主要产品类别（人类/动物/人和动物）、所有者/经营者/负责代理人信息等。

2. 企业信息更新：在FDA Industry Systems (FIS)系统中，选择“食品企业注册(Food Facility Registration)”选项，更新企业信息，包括设施信息、邮寄地址、总公司信息、紧急联系方式、商业名称、美国代理信息等。

3. 产品类别与活动类型：明确企业生产的产品类别，包括供人类食用的食品、供动物食用的食品，以及企业的操作类型。

4. 检查声明与保证声明：提交检查声明和保证声明，确保所提供的信息是真实和准确的，并授权提交者代表企业进行注册。

5. 注册信息检查：在提交之前，有机会审查并修改注册信息，确保所有信息的准确性。

6. 提交注册：完成所有必要的步骤后，提交注册信息给FDA进行审核。

7. 定期更新：FDA要求每两年进行一次注册更新，以确保信息的时效性。

FDA注册证的难处主要包括：

1. 复杂的注册流程：FDA注册流程涉及多个步骤和详细信息的提交，对于不熟悉流程的企业来说可能比较复杂。

2. 文件和技术资料的准备：需要准备大量的文件和技术资料，包括产品规格、性能数据、设计和制造过程的描述、材料分析等。

3. 质量管理体系的建立与维护：FDA要求制造商建立并维护质量管理体系（QMS），以确保产品质量的一致性和可靠性。

4. 与FDA的沟通和交流：在注册过程中，需要与FDA进行多次沟通和交流，这可能会增加注册难度。

5. 不良事件报告：FDA还要求制造商报告与产品相关的不良事件，以便及时发现并处理潜在的安全问题。

6. 法规和要求的不断更新：FDA的法规和要求会定期更新，企业需要不断适应这些变化，以保持合规。

以上步骤和难处概述了潍坊食品企业在进行FDA注册证审核时的主要流程和可能面临的挑战。