关于日本METI备案认证的通过率和南通工厂如何通过METI备案认证的问题，以下是相关信息：

A. METI备案认证通过率：搜索结果中并没有提供具体的通过率数据，但提到了只要按照流程和要求准备相应的资料，通常可以在5-7个工作日内完成备案。这意味着只要资料齐全且符合要求，通过率是相对较高的。

B. 南通工厂如何通过METI备案认证：

1. 准备必要的资料：南通工厂需要准备包括PSE证书及报告、英文或日文的产品说明书、保证申明、申请表、产品图片以及日本进口商营业执照等资料。

2. 了解产品是否属于PSE认证范围：确认产品是否属于需要PSE认证的457种产品之一，其中116种A类产品和341种B类产品需要分别取得菱形和圆形的PSE标志。

3. 完成PSE认证：在获得PSE认证后，才能进行METI备案。PSE认证是日本强制性安全认证，用以证明电机电子产品已通过日本电气和原料安全法(DENAN Law)或国际IEC标准的安全标准测试。

4. 提交资料至日本经济产业省：将准备好的资料递交至日本经济产业省进行备案。

5. 注册申报：日本的采购商在购进商品后一个月内必须向日本METI注册申报，并必须将采购商名称或ID标在产品上，以便在今后产品销售过程中进行监督管理。

6. 注意亚马逊的要求：如果是在亚马逊日本站销售，需要在收到通知后的一个月内提交相关备案信息给亚马逊，否则产品可能会被下架。

综上所述，南通工厂要通过METI备案认证，需要确保产品符合PSE认证要求，准备完整的备案资料，并按照规定的流程向日本经济产业省提交备案。只要遵循这些步骤，通常可以通过METI备案认证。