GOTS（Global Organic Textile Standard）认证是一个全球性的有机纺织品标准，它规定了从原料的收获到终产品的生产全过程必须符合有机和环境友好的要求。如果企业在申请GOTS认证时不通过，可能存在以下因素：

1. 对GOTS认证标准理解不充分：企业员工可能对GOTS认证标准的某些条款存在误解，导致在生产过程中未能按照标准要求进行操作。

2. 管理体系不完善：企业的质量管理体系、环境管理体系或社会责任管理体系可能存在漏洞，导致不符合项的产生。

3. 培训不到位：企业员工可能缺乏对GOTS认证标准的培训，不了解标准的要求和操作方法，从而导致不符合项的出现。

4. 供应商管理不善：如果企业的原材料供应商未能按照GOTS认证标准提供合格的原材料，也可能导致企业在认证审核中出现不符合项。

5. 化学投入物不符合要求：GOTS对使用的染料、助剂等化学投入物有严格的要求，包括其毒性和生物降解性必须达到基本要求。如果使用的化学投入物不符合这些要求，将导致认证不通过。

6. 环境管理不足：GOTS要求企业必须遵守环境保护和社会责任等方面的法规和标准，包括污水处理、能源使用等。如果企业在这些方面做得不够，可能会导致认证不通过。

7. 社会责任不达标：GOTS认证还涵盖了社会责任准则，包括但不限于禁止童工、保障工人的健康与安全、提供合理的薪酬等。如果企业在这方面未能满足要求，也会影响认证结果。

8. 记录保存和追溯性不足：GOTS要求企业必须有良好的记录保存系统，以确保产品的可追溯性。如果企业在这方面做得不够，可能会导致认证不通过。

9. 产品技术质量不达标：GOTS还规定了产品技术质量的准则，包括对有机纤维含量的要求。如果产品未能满足这些技术质量要求，也会导致认证不通过。

企业在申请GOTS认证时，应确保全面符合上述要求，并在发现不符合项时及时采取有效的整改措施。