ISO14064认证的难度主要表现在以下几个方面：

1. 认证要求高：相比其他的环境体系认证，ISO 14064认证标准要求更加严格，涉及到能源控制、温室效应气体排放、反恐等一系列问题。此外，该标准还要求对环境因素进行全面、准确、系统的评估和分析，并制定相应的应对措施。
2. 数据要求严格：ISO 14064认证标准对环境管理数据的要求非常高，包括数据的完整性、准确性、真实性、实时性等多个方面。因此，企业需要建立完善的环境管理体系，确保数据的准确性和可靠性。
3. 审核周期长：ISO 14064认证标准审核周期较长，需要经过多次审核和评估。因此，企业需要提前做好充分的准备，确保在审核周期内能够及时完成相关任务和整改工作。
4. 成本较高：ISO 14064认证标准需要企业投入较多的时间和精力，同时也需要投入较多的资金和资源。这包括培训费用、认证费用、设备购置费用等多个方面。

ISO14064认证审核申请流程包括以下步骤：

1. 申请：填写申请表，将资料提交给审核机构。需要包括组织的基本信息、项目描述、环境管理体系文件以及相关的支持性资料。
2. 审核前沟通：审核机构将与客户进行初步的沟通，确定审核时间、范围和计划。
3. 审核：审核员按照审核计划对环境因素进行审核，包括现场查看、沟通交流、核对文件、评估风险等步骤。
4. 报告提交：审核结束后，审核机构会出具带有审核机构Logo和日期签字的报告。
5. 认证发证：报告返回给企业后，如果企业确认无误，将由认证公司进行认证证书的录入和发放。