在ISCC认证审核过程中，如果发现问题，处理方式通常如下：

1. 审核报告和纠正措施：审核结束后，审核团队会编写审核报告，列出发现的问题和建议的纠正措施。企业需要根据报告进行改进和整改。

2. 整改和重新审核：如果审核过程中出现问题，企业必须在规定的时间内（通常是40天）根据审核意见完成整改。整改完成后，认证机构会完成审核报告，并根据整改情况决定是否签发ISCC证书。

3. 补充现场审核：在某些情况下，如远程审核中发现不符合项，可能需要补充现场审核。这通常发生在不符合项存在进一步产生更严重不符合项或风险的可能，风险评估中确定的风险等级高于一般风险，ISCC要求的内容不能完全通过远程形式验证，或者远程审核中发现不符合ISCC要求的内容等情况。

4. 撤销或更正可持续性声明：如果供应商在可持续性声明文件上向接收方提供了不准确的信息，供应商可以撤销或更正SD文件，前提是接收方未使用相关信息并从其质量平衡中撤销及更正相应信息。

5. 监督审核：对于高风险供应链中的经济运营商，认证机构必须在认证后的六个月内进行监督审核。对于处理废弃物和残渣（例如，使用过的食用油或动物脂肪）以及原生植物油（例如，棕榈油、菜籽油）的收集点和交易商，监督审核应在认证后的三个月内进行。

6. 物料平衡和风险管理：在物料平衡期结束时（长为三个月）必须建立物料平衡的余额。销售认证材料而没有同等数量的库存可能会造成负物料平衡，这被认为是ISCC下的主要不符合项。

7. 退货处理：对于因损坏或质量不足而造成的退货，企业可以选择拒绝接受货物并退货给供应商，或者客户出具SD后，供应商必须在物料平衡中登记相应的数量，退回的货物可以重新登记到物料平衡表中。

这些步骤确保了ISCC认证的严格性和有效性，同时也为企业提供了明确的问题解决和整改的路径。

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