METI备案认证的申请流程主要包括以下几个步骤：

1. 准备申请材料：需要准备包括产品说明书、产品技术规格书、电路图、零部件清单、方框图、操作手册等。同时还需要提供申请人的基本信息和产品相关信息。

2. 提交申请：将准备好的申请材料提交给日本的经产省或指定的第三方机构进行审核。在提交申请时需要注明产品名称、型号、生产厂家等信息，并缴纳相应的审核费用。

3. 审核过程：经产省或第三方机构在收到申请后会对申请材料进行审核。审核内容包括产品是否符合日本当地法律法规、是否符合安全和健康标准等。

4. 审核通过并公告：如果产品通过了审核，经产省会颁发METI备案证书并公告在guanfangwangzhan上。同时，企业需要按照日本当地法规要求在日本经济产业省进行注册和登记。

5. 贴上METI标签：在日本市场上销售或使用的产品需要贴上带有METI标签的标识，以证明该产品已经通过METI备案并符合日本标准。

METI备案认证的难点主要包括：

1. 法规和标准理解：日本对于进口产品的法规和标准要求较为严格，申请人需要充分了解并遵守这些规定。然而，由于语言和文化的差异，以及法规的不断更新和变化，理解这些规定可能会成为一大挑战。

2. 文件准备和提交：METI备案需要提交一系列的文件，包括产品说明书、技术规格书、测试报告等。这些文件需要真实、准确、完整，并且符合日本的相关规定。准备这些文件需要耗费大量的时间和精力，一旦文件不符合要求，还可能导致申请被拒绝。

3. 审核周期长：METI备案的审核周期通常较长，可能需要数周甚至数月的时间。这对于急需进入日本市场的企业来说，可能会带来一定的困扰和不确定性。不过，一般情况下，METI备案的处理周期为5~7个工作日，快可加急至3个工作日。

4. 产品符合性评估：申请人需要证明其产品符合日本的相关法规和标准，这可能需要进行一系列的测试和评估。这些测试和评估可能会增加企业的成本和时间负担。

5. 实地审核要求：审核人员可能会实地考察生产设施，确保其符合日本的技术法规和标准要求，包括生产线布局、设备状态、操作规范等。