在CmiA非洲棉认证审核过程中，如果发现问题，通常会有以下处理步骤：

1. 审核团队现场审核：审核团队会根据现场审核的结果撰写报告，包括发现的问题和建议，提交给非洲棉CmiA组织。

2. 企业或棉农采取改进措施：申请企业或棉农需要根据审核报告中的问题和建议，采取改进措施来解决问题，并确保符合CmiA认证的要求。

3. 再次提交文件和证明材料：经过改进措施后，申请企业或棉农再次提交相关文件和证明材料给非洲棉CmiA组织，组织进行再次审核。如果符合要求，非洲棉CmiA组织将核发认证证书。

4. 定期监督检查：获得认证的企业或棉农将定期接受非洲棉CmiA组织的监督检查，以确保其仍然符合认证要求。

5. 认证更新：认证有效期通常为一年，认证过期前，企业或棉农需要提供更新材料和文件，经过再次审核后，认证将得到更新。

6. 符合环境可持续性要求：如果审核中发现环境可持续性问题，需要遵循环保法规，合理使用农药和化肥，采取节水灌溉等环保措施，保护生态环境，并定期监测土壤和水源质量，确保无污染。

7. 保障劳工权益：如果发现劳工权益问题，需要确保劳工权益得到保障，提供合理的工资、工时和工作条件，遵守国际劳工标准，并严禁雇佣童工，确保工作环境安全、健康。

8. 建立有效的追溯系统：CmiA要求参与认证的产品能够追溯其原材料来源。申请者需要建立有效的追溯系统，从种植到销售的每一个环节都能被详细记录和追踪，确保棉花原料的可追溯性。

9. 遵守社会责任：积极参与社区发展，支持当地教育和医疗事业，并确保棉花生产活动对当地社区产生积极影响。

10. 配合审计与报告：接受CmiA的定期审计和报告，以评估对认证标准的遵守情况，并根据审计和报告结果，及时采取改进措施，确保持续符合CmiA的要求。

这些步骤确保了CmiA认证的严谨性和有效性，同时也帮助企业或棉农改进和提升其生产和管理实践，以符合CmiA的高标准要求。