企业在申请GOTS认证时需要准备以下文件和证件：

营业执照（或公司注册文件）：证明企业的合法经营资格。

出口许可证：如果涉及出口业务。

排放许可证：包括废水、废气、废弃物的排放许可证。

厂房竣工验收文件：证明厂房符合建筑和安全标准。

消防证明：包括消防设施的验收证明。

劳务用工许可文件：如果涉及劳务用工。

环境政策及其程序文件：展示企业对环境保护的承诺和措施。

水和能源消耗数据：包括上一年度的生产产量（重量）。

内部污水处理厂介绍：包括平面图和工艺流程图。

社会责任管理手册：展示企业对社会责任的管理和承诺。

有机产品加工流程图：详细说明有机产品的生产流程。

有机原料供应商的认证证书：证明原料的有机性。

所有已购有机原料的交易证书（TC）、发票、送货单：用于追溯原料来源。

有机产品销售发票和送货单：用于追踪产品的分销。

已经使用或拟使用的有机标签：包括洗标、吊牌、出货标签等。

原料问题：

确保原料来自经过认证的有机农场，并在整个生产过程中不使用化学肥料、杀虫剂等。

原料需获得公认的国际或国家标准的认证（如欧盟标准、NOP标准等）。

原料追溯体系不完整或无法证明原料的有机性将导致认证失败。

加工过程问题：

加工过程中不能使用任何化学合成物质，如染料、助剂等，所有使用的纤维、纱线、面料和染料都必须是有机的。

禁止使用有毒重金属、甲醛和转基因物质等投入物。

管理体系问题：

企业需要建立完善的社会责任管理体系，确保生产人员的福利满足社会低标准（如工资、工时、工作条件等）。

建立完善的记录与文档管理系统，包括原料采购记录、生产过程记录、质量检测记录等。

认证申请与审核问题：

文件准备不充分，需要提供详细的文件和资料，包括公司营业执照、产品介绍、生产流程和原材料清单、质量控制体系文件、环境管理体系文件、社会责任管理体系文件等。

现场审核的配合度，工厂需要做好充分的现场准备，包括整理车间、清洁设备、准备相关文件等。

标签与运输问题：

所有经过GOTS认证的纺织品必须带有特定的标签，以证明其符合GOTS标准。