深圳地区企业在申请GOTS认证时，现场审核的主要内容包括：

1. 原料来源：审核企业是否使用了符合GOTS标准的有机原料。

2. 生产过程：检查生产过程中是否使用了禁用的化学物质。

3. 环境管理：评估企业的环境管理措施，包括废水处理和能源使用。

4. 社会标准：确保企业遵守GOTS的社会责任标准，包括工人权益和工作条件。

5. 质量控制：检查企业的质量控制流程，确保产品符合GOTS的质量要求。

6. 产品标识：审核产品标签和包装是否符合GOTS的标识要求。

7. 供应链管理：评估企业的供应链管理，确保整个供应链符合GOTS标准。

GOTS认证文件审核清单可能包括以下内容：

1. GOTS系统计划：详细描述企业如何符合GOTS标准的具体计划。

2. 生产流程图：展示产品从原材料到成品的整个生产流程。

3. 有机原料证明：提供原料供应商的有机认证证书和原料采购记录。

4. 化学品清单：列出所有使用的化学品，并提供MSDS（材料安全数据表）。

5. 质量控制记录：包括工艺、投料、生产、质控、成品等记录。

6. 员工培训记录：证明员工接受过GOTS标准相关的培训。

7. 环境管理文件：包括废水处理记录、能源使用记录等。

8. 社会责任文件：包括员工工资记录、工作时间记录等。

9. 产品测试报告：提供产品的测试报告，证明产品符合GOTS的质量要求。

10. 追溯记录：确保有完善的文件记录系统，能够追踪每个产品的生产过程和质量控制数据。

企业在准备GOTS认证时，应该全面考虑上述各点，确保在认证过程中不会因为忽略这些细节而影响认证结果。